Sin embargo, en la competición doméstica, el club acaba relegado a la séptima plaza del campeonato, por lo que finalmente solo consigue clasificarse para la Copa Intertoto. El equipo alcanzaría las semifinales en las que se enfrentaría al Ajax de Ámsterdam, una de las sorpresas de la competición. Es más, el Villarreal logra el hito de su mejor racha liguera y realiza una espectacular remontada en el tramo final del campeonato tras ganar de forma consecutiva los últimos ocho encuentros de liga, finalizando en quinto lugar y accediendo de forma directa a la Copa de la UEFA.
